在这些互相矛盾的诸多疑点中，简直看不到任何走出迷宫的迹象，于是调查委员会决定再看看船的水下部分会不会有什么异常。他们请来的潜水员发现船的艏柱、龙骨和舵都保持良好，说明该船既没有搁过浅，也没有与别的船相撞过。
潜水员上浮到了水面又对船艏的外壳瞄了一眼，发现在水面上约半米处有一条2米长的划痕。他用手触摸了一下，划痕竞深达1英寸，宽有1英寸多。从外形判断，这个划痕不是船帮与码头擦撞所产生，而更像是有人用锐利的工具特意划的。于是，潜水员再次下潜，从船的另一侧上浮。奇怪，在同一位置上，也看到了这样的划痕，这就绝非偶然了！潜水员把这一重要的疑点报告了调查委员会的专家。
谁在船艏两侧近水处要划上这样的划痕？为什么？伦敦来的探长们又用专业手段确定，这两条划痕是在3个月前划上的，也就是船只遭到遗弃的那个时间——1872年的11月未。难道是船帮与码头擦碰？可谁都清楚，这样的擦痕只可能产生于船的一侧呀？难道发生过撞船事故？可在“玛丽亚”号船艏根本找不到撞击的任何痕迹。难道是有谁为了破坏船只的牢度而故意划的？如果说前面的12个“为什么”还让人能想象出一些推测的话，那么第13个疑点，简直使所有想像力都走入了死胡同。
褐斑的鉴定结果终于出来了，刀身上的不是血，且时间已经久远，在甲板和帆布上的斑迹是铁锈、橄榄和某种汤汁的混合物。这都是些船上的常见物品，完全可能是从一只旧铁桶中倒出来的。
英国侦探通过纽约警局的帮助调到了“玛丽亚”号全体船员的材料，了解到全队中有4位挪威的一级水手。材料上说，他们不仅技能精湛且品行良好。看来，这些水手不大可能制造暴乱。
到这个时候，总检察官才不得不同意非暴动的分析，并且告诉委员会说，他在1873年3月初收到了一封寄自挪威的信。写信人代表“玛丽亚”号上两位水手的母亲及他们的妻子，请求调查委员会主席，一定要弄明白他们的亲人何以会失踪。字里行间，处处表露出她们心中的极度焦急和悲切。检察官说，他很难过，因为至今没法回信安慰这些可怜的女人
1873年3月12日，对事件的调查暂告结束，调查委员会宣告解散。两天后，直布罗陀法院确定了给予莫尔霍斯船长的奖金数额——1700英镑。3月15日，法院又用有线电报通告纽约的船主文切斯特：“玛丽亚”号已由新的船组驾驶自直布罗陀起航前往热那亚，而船长一家及其他船员的个人物品皆已移交给美国的驻港代表。当年秋天，这位代表又把这些物品转送去了纽约再交还给失踪者的亲属。
